Met de aanleg van de Afsluitdijk werd de brakke Zuiderzee omgevormd naar een afgesloten zoetwatermeer. Dit bracht ons veiligheid, maar de dynamiek verdween uit het systeem. Vogelbescherming maakt zich zorgen over de ecologische staat van het IJsselmeergebied. We zien de volgende problemen:
Als gevolg hiervan is zowel de vis- als vogelstand flink lager vergeleken met andere, meer natuurlijke meren. Zo hebben schelpdieretende duikeenden zoals de toppereend last van minder voedsel door het verdwijnen van hun traditionele voedsel, de driehoeksmossel. Deze inheemse mossel wordt weggeconcurreerd door een invasieve nieuwkomer, de Quagga mossel, die niet op het menu staat van de duikeenden. Ook visetende vogels zoals de visdief hebben last van minder voedsel (beschikbaarheid van vis van de juiste soort en maat). Dit wordt veroorzaakt door scheve leeftijdsopbouw van visbestanden door overbevissing en een gebrek aan opgroeigebieden en beschikbaarheid van voedsel voor jonge vis. Voor alle duikende vis- en schelpdieretende vogelsoorten geldt dat er een ontoelaatbaar hoog aantal jaarlijks gedood wordt in visnetten, met name in staand want en in hoekwant.