Damesmode was de directe aanleiding voor het oprichten van de Vereeniging tot Bescherming van Vogels. Het gebruik van dode vogels op hoeden, zoals dwergsterns, was in die tijd in de mode. De vereniging uitte haar verontwaardiging over dit gebruik van vogels. Korte tijd later richtte de vereniging zich ook op andere onderwerpen, zoals jacht, landbouw en de waarde van vogels in de natuur. In 1912 wisten de vogelbeschermers van het eerste uur alle wilde vogels in Nederland beschermd te krijgen, daarmee was Nederland het eerste land in Europa dat vogels beschermde.
De Ledenraad vertegenwoordigt de leden. De Ledenraad bestaat uit minimaal 35 en maximaal 40 leden. Ze controleert het beleid van het Bestuur en de Raad van Toezicht. De Ledenraad benoemt de nieuwe leden van de Raad van Toezicht op voordracht van de Raad van Toezicht. De Ledenraad bepaalt mede het beleid van de Vereniging. Dat gebeurt door vaststelling van de vijfjaarlijkse Strategie, voorgesteld door het Bestuur. Lidmaatschap van de Ledenraad is onbezoldigd.
De Raad van Toezicht bestaat uit minimaal 5 en maximaal 9 leden. De Raad van Toezicht houdt toezicht op het Bestuur en op de algemene gang van zaken binnen de organisatie, en legt verantwoording af aan de Ledenraad. Lidmaatschap van de Raad van Toezicht is onbezoldigd.
Samenstelling Raad van Toezicht:
Dhr. E. Wagener (voorzitter)
Mw E. Donders (lid Auditcommissie)
Dhr. B. Eickhout
Dhr. M.J. Herkemij Westerman (lid Auditcommissie)
Mw. P. Ket (vice-voorzitter)
Dhr. E.W. Nieuwstraten
Mw. A.J.M.G.E. Vromans (voorzitter Auditcommissie)
Het Bestuur heeft de algemene leiding over de Vereniging en vertegenwoordigt die zonodig. Het ziet toe op de uitvoering van de werkzaamheden door het Bureau van de Vereniging. Het Bestuur legt over het gevoerde beleid verantwoording af aan de Ledenraad en de Raad van Toezicht.
Directeur-bestuurder: Karsten Schipperheijn
Het salaris van de directeur-bestuurder is opgesteld volgens de Regeling beloning directeuren van goede doelenorganisaties opgesteld door Goede Doelen Nederland (branchevereniging van erkende goede doelenorganisaties), en valt binnen de gestelde norm. Het salaris van de directeur-bestuurder is terug te vinden in het jaarverslag.
Het Bureau bestaat uit de afdelingen Bescherming, Communicatie en Bedrijfsvoering. Onder Communicatie vallen Strategische Communicatie, Campagnes, Marketing, Fondswerving, Eigen Media, het Servicecentrum en de Winkel. Ook zijn er vele vrijwilligers actief, die onmisbaar zijn voor het werk van de vereniging. De belangrijkste aandachtsvelden voor het beschermingswerk zijn de werkgebieden zijn Beleid & Strategie, Natuur, Landelijk gebied, Internationaal en Stad.
Vogelbescherming Nederland voldoet aan de volgende codes en richtlijnen:
Vogelbescherming Nederland is lid van Goede Doelen Nederland, dé brancheorganisatie van erkende in Nederland gevestigde goede doelen. Ruim 160 goede doelen zijn bij Goede Doelen Nederland aangesloten. De leden zijn op allerlei terreinen actief. Van gezondheid tot internationale hulp. Van cultuur tot dierenbelangen. Goede Doelen Nederland creëert voor het publiek herkenbare en gerespecteerde randvoorwaarden waarbinnen de sector opereert en die de kwaliteit van het functioneren van goede doelen ondersteunen.